適用期間が５年延長されるとともに、以下の通りに改められました。
（１）居住者が、住宅借入金等を利用して住宅の取得等をし、平成21年１月１日から平成25年12月31日までの間に、その者の居住の用に供した場合の控除期間、住宅借入金等の年末残高の限度額及び控除率等が以下の通りとされました。

（２）居住者が、認定長期優良住宅の新築等をし、平成21年６月４日から平成25年12月31日までの間に、その者の居住の用に供した場合の特例が創設され、その控除期間、住宅借入金等の年末残高の限度額及び控除率等が以下の通りとされました。

居住者が、認定長期優良住宅の新築等をし、平成21年６月４日から平成23年12月31日までの間に、その家屋をその者の居住の用に供した場合、その認定長期優良住宅の新築等に係る標準的な性能強化費用相当額（1,000万円を限度）の１０％に相当する金額をその年分の所得税額から控除されます。
また、その年分の所得税額から控除しきれない金額は、翌年分の所得税額から控除されます。
（注）認定長期優良住宅の新築等について、１．の住宅借入金等特別控除を適用する場合には、この控除は適用できません。

居住者が、省エネ工事をし、平成20年４月１日から平成25年12月31日までの間にその家屋をその者の居住の用に供した場合、その省エネ改修工事に充てた増改築等住宅借入金等の年末残高の1,000万円以下の部分を以下の控除率により計算した金額を５年間の各年にわたり、その年分の所得税額から控除されます。
（注）省エネ改修工事等に要した費用の額が30万円を超える増改築等に限ります。

既存住宅について、特定の改修工事（一定のバリアフリー改修工事及び一定の省エネ改修工事）をした場合の所得税額の特別控除が、次の通り創設されました。
（１）特定居住者が、一定のバリアフリー改修工事又は一定の省エネ改修工事を平成21年４月１日から平成22年12月31日までの間に自己の居住用に行った場合、改修工事の額と「標準的な費用の額」のいずれか少ない方の金額（200万円を限度。ただし太陽光発電設備設置工事を含む省エネ改修工事の場合は300万円を限度。）の１０％に相当する金額をその年分の所得税額から控除されます。
ただし、同一年中にバリアフリー改修工事及び省エネ改修工事を行った場合、その年分の所得税額から控除する金額は、両工事により計算した金額の合計額（20万円を限度。太陽光発電設備設置工事を含む省エネ工事の場合は30万円。）となります。

※特定居住者とは、
�@ 50歳以上の者
�A 介護保険法に規定する要介護認定を受けている者
�B 介護保険法に規定する要支援認定を受けている者
�C 所得税法に規定する障害者に該当する者
�D �Aから�Cのいずれかに該当する者又は年齢が65歳以上である親族と同居している者

【参考】対象となる工事
バリアフリー改修工事（特定居住者が行う以下の工事）

（２）特定居住者以外の居住者が、一定の省エネ改修工事を平成21年４月１日から平成22年12月31日までの間に自己の居住用に行った場合、その改修工事の額と「標準的な費用の額」のいずれか少ない方の金額（200万円を限度。　ただし太陽光発電設備設置工事を含む省エネ改修工事の場合は300万円を限度。）の１０％に相当する金額をその年分の所得税額から控除されます。

（注）平成21年分で（１）又は（２）の控除を適用した場合は、原則として平成22年分において適用できません。

給与所得の源泉徴収票の摘要欄について、居住年ごとの「居住開始年月日」、「住宅借入金等特別控除可能額の金額」等の記載をするよう様式変更されました。
（注）摘要欄には、年末調整の際、（特定増改築等）住宅借入金等特別控除の適用を受けた人の、その適用を受けた家屋又は増改築等をした部分を居住の用に供した年月日を記載。
なお、住宅借入金等特別控除額が算出年税額を超えるため、年末調整で控除しきれない控除額がある場合には、「住宅借入金等特別控除可能額」（所得税源泉徴収簿の「（特定増改築等）住宅借入金等特別控除額�S」欄の金額）を記載。
　また、住宅借入金等特別控除可能額の記載がある受給者のうち、複数の居住年に係る住宅借入金等特別控除等の適用を受けている人又は特定増改築等住宅借入金等特別控除の適用を受けている人については、その居住年月日ごとに当該適用を受けている「控除の種類」及び「借入金等年末残高」を記載してください。